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A Bayesian framework for high-throughput T cell receptor pairing

delete2018-09-12
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DOI:10.1093/bioinformatics/bty801delete
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摘要 研究动机 T细胞受体(TCR)库的研究为免疫系统识别机制提供了新的见解。然而,对这类群体进行稳健表征的能力受到了技术障碍以及无法可靠推断TCR异源二聚体链配对的限制。 结果 本研究描述了一种针对新兴免疫库测序方法的创新性分析方法,提升了该低成本技术的解析能力。该方法依赖于将T细胞群体分布在一个96孔板中,随后对每个T细胞的相关转录本进行条形码标记和测序。高产量配对链评估的多细胞分析解卷积(MAD-HYPE)利用贝叶斯推断更准确地提取TCR信息,提高了我们研究和表征T细胞群体的能力,以应用于免疫学和免疫治疗领域。 可用性与实现 MAD-HYPE算法作为开源项目发布,遵循Apache许可证,可从https://github.com/birnbaumlab/MAD-HYPE获取。 补充信息 补充数据可在Bioinformatics在线获取。
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