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A low-input Micro-C protocol for high-resolution 3D genome mapping
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OA
AI
DOI：10.1093/biomethods/bpag019.png)
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摘要
En 中文
标准Micro-C协议通常需要数百万个细胞，限制了其在稀有细胞群体中的应用。本文介绍了一种优化的低输入Micro-C工作流程，仅需100,000个细胞。通过将我们的低输入数据集和来自5百万个细胞的对照数据集下采样至120百万原始读对，我们证明所有关键结构特征——组分、拓扑关联域（TADs）和染色质环——均可从至少100,000个细胞中可靠检测。低输入协议实现了高的顺式相互作用比（96.1%）和低的PCR重复率（3.0%），表明文库复杂度高且背景噪声低。将此方法应用于研究急性CTCF降解，我们在CTCF降解样本中观察到环和TAD边界的丧失，与之前的报道一致。我们的优化协议使样本有限研究能够实现核小体分辨率的3D基因组图谱构建。
Keyword:
Micro-C
3D genome mapping
low-input protocol
chromatin architecture
CTCF degradation
期刊
B
IF:
1.3
论文数:
109
被引数:
425
机构
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