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A message passing framework for precise cell state identification with scClassify2
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AI
DOI：10.1186-s13059-025-03722-3.png)
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摘要
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细胞注释对于下游探索至关重要。尽管已开发出许多方法，涵盖从经典统计学到大型语言模型，但大多数方法都关注不同的细胞类型，而忽略了连续的细胞群体。在此，我们提出了一种注释方法scClassify2，专门聚焦于相邻细胞状态的识别。通过利用新颖的双层架构和序数回归整合先验生物学知识，scClassify2在性能上与其他当前最先进的方法相比具有竞争力。除了单细胞RNA测序数据外，scClassify2还可推广应用于包括亚细胞空间转录组学数据在内的不同平台。我们还开发了一个供学术使用的网络服务器。
Keyword:
cell annotation
scClassify2
adjacent cell states
ordinal regression
single-cell RNA-sequencing
