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A Modified Multiple Alignment Fast Fourier Transform with Higher Efficiency
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AI
DOI：10.1109/TCBB.2016.2530064.png)
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摘要
En 中文
多序列比对 (MSA) 是生物信息学中最常见的任务。多重比对快速傅立叶变换 (MAFFT) 是其中最快的MSA程序。所得比对的准确性可以与最准确的MSA程序相媲美。在本文中，我们修改了MAFFT的相关计算方案，以在三个方面进一步提高效率。首先，在修改的相关性中利用基于氨基酸和核苷酸的新复数表达。其次，提出了具有限制的线性卷积，用于计算氨基酸和核苷酸序列的相关性。第三，我们设计了一种用于计算线性卷积的快速傅立叶变换 (FFT) 算法。FFT算法基于共轭对分裂基FFT，不需要顺序排列，并且它是新的，因为仅需要最终输出的实部。仿真结果表明，对于MAFFT的函数Falign() 的一次执行，修改后的方案的速度比原始MAFFT的速度快107.58 365.74%，表明其实现速度更快。
Keyword:
Convolution
fast Fourier transform (FFT)
MAFFT
multiple sequence alignment (MSA)
AI总结
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期刊
I
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