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A vector representation for phylogenetic trees
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DOI：10.1098/rstb.2024.0226.png)
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摘要
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良好的系统发育树和网络表示对于提升基因、基因组及物种进化树推断和分析的存储效率与可扩展性至关重要。我们提出了一种新的有根系统发育树表示方法，将一棵包含n个有序分类单元的树编码为长度为2n的向量，其中每个分类单元恰好出现两次。基于此新的树表示方法，我们引入了一种新颖的树重排算子，称为HOP，其生成的树空间具有线性直径和二次邻域大小。我们还引入了一种新的度量方法——HOP距离，即转换一棵树为另一棵树所需的最少HOP操作次数。HOP距离可在近线性时间内计算——这是树重排距离中少有的可解实例。我们的实验表明，HOP距离与子树剪接与再嫁接距离的关联性优于广泛使用的Robinson-Foulds距离。此外，我们还阐述了所提出的树表示方法如何进一步推广至树子网络，展示了其通用性及在更广泛进化分析中的潜在应用。本文隶属于主题特刊“进化数学理论：追溯100年的系统发育模型”。
Keyword:
phylogenetic trees
tree metric
tree rearrangement
期刊
IF:
4.7
论文数:
8.7K
被引数:
5.6W
机构
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Dynamics of Mammalian Chromosome Evolution Inferred from Multispecies Comparative Maps.png)
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