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An alignment-free method for phylogeny estimation using maximum likelihood
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AI
DOI：10.1186/s12859-025-06080-w.png)
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摘要
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背景
尽管对齐方法一直是建立进化关系之前进行系统发育推断的主要途径，但无对齐方法提供了一种简化的替代方案，特别是在处理涉及长序列和复杂事件（如重排）的全基因组数据时尤为有益。此外，无对齐方法对于基因组粗筛等无法进行基因组组装的数据类型至关重要。然而，尽管具有这些优势，无对齐技术并未获得广泛接受，因为它们缺乏基于对齐技术的准确性，这主要归因于它们依赖于简化的成对距离计算模型。
结果
在此，我们提出了一种基于似然的无对齐技术，用于构建系统发育树。我们将基因组序列中k-mer的存在或缺失编码为二进制矩阵，并采用最大似然方法估计系统发育树。首次实现了一种基于似然的无对齐系统发育估计方法，并将其命名为Peafowl软件，可获取于：https://github.com/hasin-abrar/Peafowl-repo。我们分析了七组真实数据集上我们方法的表现，并与当前最先进的无对齐方法进行了比较。
结论
结果表明，我们的方法与现有的无对齐工具具有竞争力。这表明，基于最大似然的无对齐方法未来可能得到改进，以超越依赖距离计算的无对齐方法，正如基于对齐的设置中所观察到的那样。
Keyword:
Phylogenetics
Alignment-free
k-mer
Likelihood
期刊
IF:
3.3
论文数:
594
被引数:
5.2W
机构
引用论文
Is multiple-sequence alignment required for accurate inference of phylogeny?系统发育的准确推断需要多序列比对吗？.png)
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