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An improved nuclei isolation protocol from leaf tissue for single-cell transcriptomics
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DOI：10.1371/journal.pone.0302118.png)
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摘要
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植物生物学的研究传统上侧重于在组织、器官或整株植物水平上进行的研究。然而，单细胞转录组学最近已成为植物生物学的重要工具，使研究人员能够揭示组织内单个细胞类型的表达谱。该工具的应用揭示了细胞间基因表达异质性的新见解，并为植物生物学研究开辟了新的途径。单细胞和单核RNA测序（scRNA-seq和snRNA-seq）成功应用的关键步骤分别是从组织中分离单个细胞或核，以恢复其转录谱。在snRNA-seq研究中，核分离过程中的关键步骤是荧光激活细胞分选（FACS）。在此步骤中，被DAPI（4',6-二脒基-2-苯基吲哚）染色的核可以被分选并与细胞碎片和细胞器分离。叶片组织由于富含叶绿体而面临独特挑战，这会干扰高质量结果的获取。由于DAPI也能结合质体基因组，这些细胞器会被当作核进行分选。因此，在富含叶绿体的组织中，存在这些细胞器的高污染和核数量的高估。本研究介绍了一种从Zea mays叶片中分离核的简单替代方法，以减少叶绿体污染。通过在协议的FACS步骤中利用叶绿体的自发荧光有效去除叶绿体，我们实现了基因组与转录组读数的改进对齐。我们的增强型协议为在富含叶绿体的组织中应用snRNA-seq提供了有价值的解决方案。
Keyword:
POLYADENYLATION
MAIZE
期刊
IF:
2.6
论文数:
2.6W
被引数:
81.6W
机构
暂无机构信息
引用论文
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