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anndataR improves interoperability between R and Python in single-cell transcriptomics
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OA
AI
DOI：10.1093/bioinformatics/btag288.png)
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摘要
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许多单细胞转录组学数据集存储在由HDF5支持的AnnData（H5AD）文件格式中，这种格式因Python的scverse生态系统而流行。然而，从R语言访问这些数据集可能比较困难，这限制了用户利用两种语言各自优势的能力。anndataR通过允许用户在R中原生地读取和写入H5AD文件，将其转换为SingleCellExperiment或Seurat对象，或直接操作生成的R AnnData对象，从而简化了这一过程。我们进行了严格的测试以确保Python编写和R编写的H5AD文件之间的兼容性，保证两种语言之间的长期互操作性。
Keyword:
single-cell transcriptomics
H5AD file format
R programming
Python programming
interoperability
期刊
IF:
5.4
论文数:
1.3K
被引数:
17.9W
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