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Automated Force Field Developer and Optimizer Platform: Torsion Reparameterization
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AI
DOI：10.1021/acs.jcim.6c00528.png)
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摘要
En 中文
通用力场（如通用AMBER力场，GAFF）已设计为具有广泛适用性，并被广泛应用于基于结构的药物发现中的蛋白质-配体结合模拟。然而，力场参数并非总能跨配体分子转移，有时需要进行定制化重新参数化以实现准确的结合自由能模拟。这一点尤其适用于扭转参数，它们高度依赖于立体电子和空间位阻效应。在此，我们报道了一种新颖、灵活且用户友好的计算工具——自动化力场开发与优化（AFFDO）平台，该平台能够为药物样分子生成准确、定制的GAFF2扭转参数。对于给定配体，AFFDO选择最重要的扭转键，执行GPU加速的密度泛函理论计算以收集参考数据，并利用基于梯度的快速优化器拟合扭转项，该优化器利用了自动微分。我们通过参数化一系列药物样分子并执行蛋白质-配体相对结合自由能（RBFE）模拟来评估AFFDO。结果表明，AFFDO能够显著改进GAFF2扭转参数，使其与量子力学（QM）参考数据更吻合，在某些情况下，这种改进转化为与实验RBFE值更一致的结果，且在合理的计算时间内完成。
Keyword:
Ligands
Molecular mechanics
Molecules
Thermodynamic properties
期刊
IF:
5.3
论文数:
9.1K
被引数:
4.0W
机构
引用论文
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