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Barcode specific immobilization interface for microfluidics-assisted spatial analysis microarray uniform barcoding
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AI
DOI：10.1039/D5AN00534E.png)
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摘要
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微流控辅助的空间条形码微阵列技术提供了一种高通量、低成本的空间转录组学分析途径。均匀的条形码微阵列对于实现无偏倚的mRNA分析至关重要。然而，在液体运输过程中，微通道内会发生条形码试剂的非特异性吸附，导致芯片功能区域的条形码不均匀。这种不均匀的微阵列进一步导致转录组捕获产生偏倚。在此，我们开发了一种具有抗吸附特性和生物活性的条形码特异性固定（BarSI）界面，用于开发均匀的空间条形码微阵列芯片。我们在直型和蛇形微通道中固定DNA探针，变异系数（CV）分别为2.3%和3.2%。基于正交条形码系统，我们开发了空间条形码微阵列芯片，其整体荧光强度CV为8.47 ± 1.26%，而基于传统氨基载玻片开发的微阵列CV为20.91 ± 2.84%。使用均匀的空间条形码微阵列芯片，我们实现了小鼠肝脏mRNA的无偏倚检测，Moran’s I的绝对值低于0.05。我们提出了一种经济且易于实现的方法来制造均匀的空间条形码微阵列芯片，引入了一种无偏倚转录组分析的新策略。
Keyword:
microfluidics
spatial transcriptomics
barcoded microarray
uniform immobilization
transcriptome analysis
