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Biochef: a client-side WebAssembly-based workflow builder for genomic data analysis
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AI
DOI：10.1186/s12859-026-06431-1.png)
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摘要
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基因组学分析通常依赖通过远程服务器执行的命令行工具，这对非技术用户造成了可用性障碍，并引发了隐私担忧。WebAssembly（WASM）能够在网页浏览器中直接执行原生代码，消除了安装和数据传输的需求。我们介绍了BioChef，一个基于客户端的基因组工作流平台，它利用了WASM技术。BioChef将基因组工具包编译成可在浏览器中执行的模块，并通过一个设计直观的拖放式图形用户界面（GUI）进行展示。该系统提供实时验证、灵活的输入方法（基于表单和JSON）、中间步骤检查以及可复现的工作流导出功能（可作为bash脚本或配置文件导出）。在主流浏览器（Chromium、Gecko、WebKit）上的性能基准测试表明，该系统具有快速初始化（LCP 0.583 s）、响应式交互（INP 30.5 ms）、极小的布局偏移（CLS 0.01）以及可接受的开销（平均初始WASM模块加载时间为181.5 ms）。尽管浏览器执行引入了性能开销（约为原生的$$\sim $$130$$\times $$慢），但BioChef工作流仍通过避免网络延迟和服务器端排队，显著优于传统网络服务（如Galaxy）（在标准管道基准测试中快11.3$$\times $$）。BioChef展示了客户端的WebAssembly如何能够使基因组数据处理民主化，在无需外部依赖的情况下确保隐私性、可复现性和易用性。据我们所知，这是首个完全基于客户端、由WASM驱动的图形基因组工作流环境。
Keyword:
WebAssembly
Bioinformatics workflows
Web-based applications
Workflow management systems
Human-computer interaction
Genomic data processing
AI总结
对已上传原文的论文进行重点信息的提取，主要内容包括：简要概述、研究摘要、背景介绍、关键亮点、图文解析、展望与总结。
