CGAL: computing genome assembly likelihoods

Atif Rahman

doi:10.1186/gb-2013-14-1-r8

2013-01-29

Atif Rahman

Lior Pachter *

DOI：10.1186/gb-2013-14-1-r8

原文链接

查看原文

摘要

En 中文

Assembly algorithms have been extensively benchmarked using simulated data so that results can be compared to ground truth. However, in de novo assembly, only crude metrics such as contig number and size are typically used to evaluate assembly quality. We present CGAL, a novel likelihood-based approach to assembly assessment in the absence of a ground truth. We show that likelihood is more accurate than other metrics currently used for evaluating assemblies, and describe its application to the optimization and comparison of assembly algorithms. Our methods are implemented in software that is freely available at http://bio.math.berkeley.edu/cgal/.

Keyword:

Genome assembly

evaluation

likelihood

sequencing

AI总结

对已上传原文的论文进行重点信息的提取，主要内容包括：简要概述、研究摘要、背景介绍、关键亮点、图文解析、展望与总结。

期刊

Genome Biology

IF:

9.4

论文数:

6.4K

被引数:

7.3W

机构

University of California System

学者数:

37.5W

论文数: 33.7W

被引数: 6.6K

引用论文

Embedded real-time speed limit sign recognition using image processing and machine learning techniques

Neural Computing and Applications

IF0

2016-06-03

OAAI

Samuel L. Gomes; Elizângela de S. Rebouças; Edson Cavalcanti Neto; João P. Papa; Victor H. C. de Albuquerque; Pedro P. Rebouças Filho; João Manuel R. S. Tavares

FAMILIES OF SALT DOMES IN THE GULF COASTAL PROVINCE

GEOPHYSICS

IF0

1966-08-01

PREAI

Franz Selig; E. G. Wermund

The Stratifying Value of Hangzhou Criteria in Liver Transplantation for Hepatocellular Carcinoma

PLoS ONE

IF0

2014-03-27

OAAI

Jun Chen; Xiao Xu; Jian Wu; Qi Ling; Kai Wang; Weilin Wang; Min Zhang; Yan Shen; Lin Zhou; Haiyang Xie; Shusen Zheng

Forecasting the airborne spread of foot-and-mouth disease

Veterinary Record

IF0

1981-04-25

PREAI

J. Gloster; R. Blackall; R. Sellers; A. Donaldson

Three-Particle Coincidence of the Long Range Pseudorapidity Correlation in High Energy Nucleus-Nucleus Collisions

Physical Review Letters

IF0

2010-07-08

OAAI

B. I. Abelev; M. M. Aggarwal; Z. Ahammed; A. V. Alakhverdyants; B. D. Anderson; D. Arkhipkin; G. S. Averichev; J. Balewski; O. Barannikova; L. S. Barnby; S. Baumgart; D. R. Beavis; R. Bellwied; M. J. Betancourt; R. R. Betts; A. Bhasin; A. K. Bhati; H. Bichsel; J. Bielcik; J. Bielcikova; B. Biritz; L. C. Bland; I. Bnzarov; B. E. Bonner; J. Bouchet; E. Braidot; A. V. Brandin; A. Bridgeman; E. Bruna; S. Bueltmann; T. P. Burton; X. Z. Cai; H. Caines; M. Calderón de la Barca Sánchez; O. Catu; D. Cebra; R. Cendejas; M. C. Cervantes; Z. Chajecki; P. Chaloupka; S. Chattopadhyay; H. F. Chen; J. H. Chen; J. Y. Chen; J. Cheng; M. Cherney; A. Chikanian; K. E. Choi; W. Christie; P. Chung; R. F. Clarke; M. J. M. Codrington; R. Corliss; J. G. Cramer; H. J. Crawford; D. Das; S. Dash; A. Davila Leyva; L. C. De Silva; R. R. Debbe; T. G. Dedovich; M. DePhillips; A. A. Derevschikov; R. Derradi de Souza; L. Didenko; P. Djawotho; S. M. Dogra; X. Dong; J. L. Drachenberg; J. E. Draper; J. C. Dunlop; M. R. Dutta Mazumdar; L. G. Efimov; E. Elhalhuli; M. Elnimr; J. Engelage; G. Eppley; B. Erazmus; M. Estienne; L. Eun; P. Fachini; R. Fatemi; J. Fedorisin; R. G. Fersch; P. Filip; E. Finch; V. Fine; Y. Fisyak; C. A. Gagliardi; D. R. Gangadharan; M. S. Ganti; E. J. Garcia-Solis; A. Geromitsos; F. Geurts; V. Ghazikhanian; P. Ghosh; Y. N. Gorbunov; A. Gordon; O. Grebenyuk; D. Grosnick; B. Grube; S. M. Guertin; A. Gupta; N. Gupta; W. Guryn; B. Haag; T. J. Hallman; A. Hamed; L-X. Han; J. W. Harris; J. P. Hays-Wehle; M. Heinz; S. Heppelmann; A. Hirsch; E. Hjort; A. M. Hoffman; G. W. Hoffmann; D. J. Hofman; R. S. Hollis; H. Z. Huang; T. J. Humanic; L. Huo; G. Igo; A. Iordanova; P. Jacobs; W. W. Jacobs; P. Jakl; C. Jena; F. Jin; C. L. Jones; P. G. Jones; J. Joseph; E. G. Judd; S. Kabana; K. Kajimoto; K. Kang; J. Kapitan; K. Kauder; D. Keane; A. Kechechyan; D. Kettler; V. Yu. Khodyrev; D. P. Kikola; J. Kiryluk; A. Kisiel; A. G. Knospe; A. Kocoloski; D. D. Koetke; T. Kollegger; J. Konzer; M. Kopytine; I. Koralt; W. Korsch; L. Kotchenda; V. Kouchpil; P. Kravtsov; V. I. Kravtsov; K. Krueger; M. Krus; L. Kumar; P. Kurnadi; M. A. C. Lamont; J. M. Landgraf; S. LaPointe; J. Lauret; A. Lebedev; R. Lednicky; C-H. Lee; J. H. Lee; W. Leight; M. J. LeVine; C. Li; L. Li; N. Li; W. Li; X. Li; X. Li; Y. Li; Z. Li; G. Lin; S. J. Lindenbaum; M. A. Lisa; F. Liu; H. Liu; J. Liu; T. Ljubicic; W. J. Llope; R. S. Longacre; W. A. Love; Y. Lu; T. Ludlam; G. L. Ma; Y. G. Ma; D. P. Mahapatra; R. Majka; O. I. Mall; L. K. Mangotra; R. Manweiler; S. Margetis; C. Markert; H. Masui; H. S. Matis; Yu. A. Matulenko; D. McDonald; T. S. McShane; A. Meschanin; R. Milner; N. G. Minaev; S. Mioduszewski; A. Mischke; M. K. Mitrovski; B. Mohanty; D. A. Morozov; M. G. Munhoz; B. K. Nandi; C. Nattrass; T. K. Nayak; J. M. Nelson; P. K. Netrakanti; M. J. Ng; L. V. Nogach; S. B. Nurushev; G. Odyniec; A. Ogawa; H. Okada; V. Okorokov; D. Olson; M. Pachr; B. S. Page; S. K. Pal; Y. Pandit; Y. Panebratsev; T. Pawlak; T. Peitzmann; V. Perevoztchikov; C. Perkins; W. Peryt; S. C. Phatak; P. Pile; M. Planinic; M. A. Ploskon; J. Pluta; D. Plyku; N. Poljak; A. M. Poskanzer; B. V. K. S. Potukuchi; C. B. Powell; D. Prindle; C. Pruneau; N. K. Pruthi; P. R. Pujahari; J. Putschke; R. Raniwala; S. Raniwala; R. L. Ray; R. Redwine; R. Reed; J. M. Rehberg; H. G. Ritter; J. B. Roberts; O. V. Rogachevskiy; J. L. Romero; A. Rose; C. Roy; L. Ruan; R. Sahoo; S. Sakai; I. Sakrejda; T. Sakuma; S. Salur; J. Sandweiss; E. Sangaline; J. Schambach; R. P. Scharenberg; N. Schmitz; T. R. Schuster; J. Seele; J. Seger; I. Selyuzhenkov; P. Seyboth; E. Shahaliev; M. Shao; M. Sharma; S. S. Shi; E. P. Sichtermann; F. Simon; R. N. Singaraju; M. J. Skoby; N. Smirnov; P. Sorensen; J. Sowinski; H. M. Spinka; B. Srivastava; T. D. S. Stanislaus; D. Staszak; J. R. Stevens; R. Stock; M. Strikhanov; B. Stringfellow; A. A. P. Suaide; M. C. Suarez; N. L. Subba; M. Sumbera; X. M. Sun; Y. Sun; Z. Sun; B. Surrow; T. J. M. Symons; A. Szanto de Toledo; J. Takahashi; A. H. Tang; Z. Tang; L. H. Tarini; T. Tarnowsky; D. Thein; J. H. Thomas; J. Tian; A. R. Timmins; S. Timoshenko; D. Tlusty; M. Tokarev; V. N. Tram; S. Trentalange; R. E. Tribble; O. D. Tsai; J. Ulery; T. Ullrich; D. G. Underwood; G. Van Buren; G. van Nieuwenhuizen; M. van Leeuwen; J. A. Vanfossen; R. Varma; G. M. S. Vasconcelos; A. N. Vasiliev; F. Videbæk; Y. P. Viyogi; S. Vokal; M. Wada; M. Walker; F. Wang; G. Wang; H. Wang; J. S. Wang; Q. Wang; X. Wang; X. L. Wang; Y. Wang; G. Webb; J. C. Webb; G. D. Westfall; C. Whitten; H. Wieman; E. Wingfield; S. W. Wissink; R. Witt; Y. Wu; W. Xie; N. Xu; Q. H. Xu; W. Xu; Y. Xu; Z. Xu; L. Xue; Y. Yang; P. Yepes; K. Yip; I-K. Yoo; Q. Yue; M. Zawisza; H. Zbroszczyk; W. Zhan; S. Zhang; W. M. Zhang; X. P. Zhang; Y. Zhang; Z. P. Zhang; J. Zhao; C. Zhong; J. Zhou; W. Zhou; X. Zhu; Y-H. Zhu; R. Zoulkarneev; Y. Zoulkarneeva

De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing 通过大规模并行短读段测序对人类基因组进行从头组装

GENOME RESEARCH

IF5.5

2009-12-17

2.6K

OAAI

Li, Ruiqiang; Zhu, Hongmei; Ruan, Jue; Qian, Wubin; Fang, Xiaodong; Shi, Zhongbin; Li, Yingrui; Li, Shengting; Shan, Gao; Kristiansen, Karsten; Li, Songgang; Yang, Huanming; Wang, Jian; Wang, Jun

Human parvovirus B19 infection of monocytic cell line U937 and antibody-dependent enhancement

Virology

IF0

2006-02-01

OAAI

Yasuhiko Munakata; Ichiro Kato; Takako Saito; Takao Kodera; Keiko Kumura Ishii; Takeshi Sasaki

Evidence for a cytoplasmic pathway of oxalate biosynthesis in Aspergillus niger 黑曲霉中草酸盐生物合成的细胞质途径的证据

Applied and Environmental Microbiology

IF0

1988-03-01

OAAI

C P Kubicek; G Schreferl-Kunar; W Wöhrer; M Röhr