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Combining simulations and experiments – a perspective on maximum entropy methods
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OA
AI
DOI：10.1039/D5CP01263E.png)
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摘要
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为了阐明固有非结构蛋白（IDPs）的结构与功能之间的联系，对其构象集合的描述至关重要。这些集合通常由数量极多且能量相似的低能构象所表征；仅通过实验或计算手段很难捕捉这些构象。相反，结合模拟研究和实验研究的数据，为更全面地理解这些蛋白质提供了一种途径。在过去的十年中，已开发出多种方法，旨在将实验数据与模拟整合到一个模型中，以描述构象多样性。尽管这些方法中的许多已被成功应用，但它们对于应用这些方法的科学家而言，往往仍属于“黑箱”。在本工作中，我们回顾了用于优化蛋白质构象集合的最大熵方法。从教学的角度来看，我们旨在在一个共同的框架内呈现这些方法中的数学概念和优化过程，以增进对这些方法的理解。
Keyword:
intrinsically disordered proteins
conformational ensembles
maximum entropy methods
simulation and experiment integration
protein structure-function relationship
期刊
IF:
2.9
论文数:
4.6K
被引数:
12.4W
机构
引用论文
High-throughput prediction of protein conformational distributions with subsampled AlphaFold2.png)
NATURE COMMUNICATIONS
OAAI
NATURE COMMUNICATIONSIF15.7
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