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Data Processing and Analysis in Positional Proteomics
DOI:10.1002/pmic.70069.png)
摘要
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蛋白酶解切割是一种不可逆的翻译后修饰(PTM),且蛋白酶活性的失调往往是疾病的一个标志。异常的蛋白酶解可以改变蛋白质的丰度或功能,扰乱细胞状态,并导致疾病特异性生物标志物或治疗靶点。定位蛋白质组学有助于全局识别和精确定量位置特异性肽段,例如位于蛋白质序列N-端或C-端的肽段。这些技术能够研究天然和新生蛋白质末端,以及相关的PTM。尽管其重要性,蛋白酶解仍因实验挑战和复杂数据处理而研究不足。在本综述中,我们概述了定位蛋白质组学中数据分析与处理的关键策略,强调蛋白酶解位点的识别、定量和解释与标准蛋白质组学数据分析流程的差异。我们讨论了末端组学聚焦工作流程的常见方法差异,比较了N-末端组学与C-末端组学,以及不同的标记策略和获取方法。此外,我们强调了正确归一化方法需考虑的因素,特别是需要将切割丰度归一化至蛋白质和蛋白酶丰度。我们解释了在数据分析中整合结构数据、溶剂可及性和组织表达谱的重要性,以更好地评估实验结果的生物学意义。
AI总结
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