Datamonkey 3: browser-native molecular evolution analysis

Steven Weaver

doi:10.3389/fbinf.2026.1876305

Datamonkey 3: browser-native molecular evolution analysis

2026-09-09

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OA

AI

Sergei L. Kosakovsky Pond *

DOI：10.3389/fbinf.2026.1876305

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我们介绍了Datamonkey 3，它是分子进化分析Web平台Datamonkey的浏览器原生实现。通过利用WebAssembly在客户端执行HyPhy分析引擎，Datamonkey 3消除了标准分析对远程计算集群的依赖。该架构通过本地处理序列确保数据主权，并实现具有即时反馈的交互式工作流程。该平台提供一套全面的统计方法用于检测自然选择和重组，并由一个能够识别和纠正常见格式错误的数据整理系统支持。此外，Datamonkey 3集成了数据驱动的运行时估计和交互式结果可视化。通过将计算负担转移到客户端，Datamonkey 3建立了一种可持续的、保护隐私的基础设施模型，该模型可随用户基础扩展，证明了客户端基因组推断的可行性。虽然该浏览器原生架构专为选择和重组的进化分析而设计，但它为部署无服务器依赖的复杂生物信息学工具提供了一个可推广的蓝图。Datamonkey 3可免费访问https://v3.datamonkey.org，所有源代码可从https://github.com/veg/datamonkey3获取。

Keyword:

phylogenetics,molecular evolution,HyPhy,selection detection,WebAssembly

Datamonkey 3: browser-native molecular evolution analysis

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