.png){kind=icon}
返回
Deciphering codon usage patterns in six Quercus genome
.png){kind=icon}
OA
AI
DOI：10.1007/s42452-025-07917-y.png)
.png){kind=icon}
.png){kind=icon}
分享.png){kind=icon}
收藏
摘要
En 中文
密码子使用偏性（CUB）影响翻译效率和准确性，但栎属（约450种生态重要物种）的基因组范围CUB模式尚未被表征，先前的研究仅限于叶绿体基因组。本研究利用生物信息学工具，对6个栎属物种（Q. acutissima、Q. suber、Q. dentata、Q. robur、Q. lobata、Q. mongolica）进行了首次全基因组CUB分析。我们计算了有效密码子数量（ENC）、同义密码子相对使用率（RSCU）和GC含量，并应用了中性图、平衡图（PR2）、ENC-GC3s图以及翻译选择（P2）分析。结果显示，基因组GC含量范围为42.25%（Q. robur）至46.2%（Q. suber），ENC值（51.777–52.843）表明存在弱CUB。多方法分析证实自然选择是CUB的主要驱动因素（突变压力影响较小）。所有6个物种均优先使用AGA（精氨酸）、UCU（丝氨酸）和CCA（甘氨酸）。本研究填补了栎属基因组研究的空白，阐明了CUB的进化驱动因素，并识别了保守的偏好密码子——为栎属分子育种和转基因优化提供了基础。
Keyword:
Quercus
Codon usage bias
Natural selection
Evolution
RSCU
AI总结
对已上传原文的论文进行重点信息的提取，主要内容包括：简要概述、研究摘要、背景介绍、关键亮点、图文解析、展望与总结。
期刊
D
IF:
2.4
论文数:
1.6K
被引数:
492
机构
引用论文
分享收藏Similarities and dissimilarities of codon usage in mitochondrial ATP genes among fishes, aves, and mammals.png)
IUBMB LIFEOAAI
IUBMB LIFEIF3.2
OAAI分享收藏Analysis of transcriptome data reveals multifactor constraint on codon usage in Taenia multicepsBMC GENOMICSOAAI
BMC GENOMICSIF3.7
OAAI分享收藏Analysis of codon usage bias of chloroplast genes in Oryza species Codon usage of chloroplast genes in Oryza species水稻叶绿体基因的密码子使用偏好性分析水稻叶绿体基因的密码子使用PLANTA
PLANTAIF3.8
PREAI
分享收藏The codon adaptation index-a measure of directional synonymous codon usage bias, and its potential applications密码子适应指数-定向同义密码子使用偏好性的度量及其潜在应用
OAAI
OAAI分享收藏
查看更多内容