Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data

doi:10.1093/gpbjnl/qzaf009

Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data

2025-02-18

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DOI：10.1093/gpbjnl/qzaf009

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摘要近年来，基于转录数据的细胞类型比例量化计算方法已引起广泛关注，特别是参考基方法，其已展现出高精度。然而，目前针对现有参考基解卷积方法在细胞比例解卷积分析中的综合评估和指导尚显不足。本研究中，我们介绍了Deconvolution Evaluator（Deconer），一个用于评估参考基解卷积方法的综合工具包。Deconer提供了多种模拟和真实基因表达数据集，包括全量和单细胞测序数据，并提供了多种可视化界面。通过利用Deconer，我们从不同角度对16种参考基解卷积方法进行了系统比较，包括方法稳健性、解卷稀有成分的准确性、特征基因选择以及外部参考构建。我们还深入分析了细胞比例解卷积方法的应用场景与挑战。最后，我们为用户选择和开发细胞比例解卷积算法提供了建设性建议。本研究为研究者提供了新颖见解，协助他们选择合适的工具包、在临床情境中应用解决方案，并推动适用于基因表达数据的解卷积工具的发展。Deconer的教程、手册、源代码和演示数据公开可访问于https://honchkrow.github.io/Deconer/。

Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data

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