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E3Docker: a docking server for potential E3 binder discovery
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AI
DOI：10.1093/nar/gkaf391.png)
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摘要
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靶向蛋白降解（TPD）已成为调节细胞内蛋白水平的具有前景的治疗策略。蛋白酶体靶向嵌合体和分子胶能够促进目标蛋白（POI）与特定E3泛素连接酶形成复合物，导致POI泛素化并由蛋白酶体随后降解。考虑到人类基因组中存在超过600种E3泛素连接酶，发现新型E3结合剂并招募新的E3泛素连接酶用于TPD相关药物发现具有巨大潜力。本文介绍了E3Docker，一个用于E3结合剂发现的在线计算工具。共从数据库和文献中收集了1075种智人E3泛素连接酶，并将这些E3泛素连接酶的4474个三维结构（包括游离态或复合物形式）整合到网络服务器中。每种E3泛素连接酶的可成药口袋由PDB中实验确定的配体定义或通过DeepPocket预测。采用CoDock-Ligand作为对接引擎估算潜在E3结合剂。凭借用户友好的界面，E3Docker能够为与超过1000种E3泛素连接酶结合的化合物生成结合构象和亲和力评分，可能有助于新型E3结合剂的发现。E3Docker服务器和教程可免费获取于https://e3docker.schanglab.org.cn/。
Keyword:
UBIQUITIN LIGASE
PROTEIN
OPTIMIZATION
RESOURCE
UPDATE
期刊
IF:
13.1
论文数:
3.6W
被引数:
29.0W
机构
引用论文
DeepPocket: Ligand Binding Site Detection and Segmentation using 3D Convolutional Neural NetworksDeepPocket: 使用3D卷积神经网络进行配体结合位点检测和分割
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