From latent dynamics to data geometry: Nonlinear diffusion modelling for protein structures

2025-12-02

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AI

DOI：10.1016/j.csbj.2025.11.065

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摘要

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• AI驱动的生成模型是创造新颖蛋白质的有力工具。 • 我们提出了ProT-INDM，一种用于蛋白质骨架生成的非线性扩散框架。 • 通过隐式潜在空间动力学实现了可计算的优化。 • 分数网络和流网络在最大似然目标下联合训练。 • 该框架能够容纳多种潜在扩散过程：VP、VE和subVP。

Keyword:

Generative diffusion model

Protein backbone generation

Nonlinear stochastic differential equation

Normalizing flow

Likelihood-based metric