Functional protein mining with conformal guarantees

doi:10.1038/s41467-024-55676-y

2025-01-02

Ron Boger

Angelopoulos, Anastasios N.

Yoon, Peter H.

Jordan, Michael I.

DOI：10.1038/s41467-024-55676-y

原文链接

原文求助

摘要

En 中文

分子结构预测和同源性检测为发现蛋白质功能及进化关系提供了有前景的途径。然而，当前方法缺乏统计可靠性保证，限制了其在选择蛋白质进行后续实验和计算机模拟表征方面的实际应用。为应对这一挑战，我们引入了一种基于一致性预测原则的统计严谨的蛋白质搜索方法，该方法提供了一个确保统计保证（用户可指定风险）并能为任何蛋白质搜索模型提供校准概率（而非原始机器学习得分）的框架。我们的方法（1）允许用户选择多种生物学相关的损失指标（即假发现率），并为注释未知功能基因分配可靠的功能概率；（2）在不训练新模型的情况下实现了酶分类领域的当前最佳性能；（3）能够稳健且快速地预筛选蛋白质，以用于计算密集型的结构比对算法。我们的框架增强了蛋白质同源性检测的可靠性，并有助于发现具有潜在理想功能特性的未表征蛋白质。

Keyword:

PREDICTION

SEQUENCE

期刊

Nature Communications

IF:

15.7

论文数:

9.4W

被引数:

91.2W

机构

暂无机构信息

引用论文

Assessing sequence comparison methods with reliable structurally identified distant evolutionary relationships

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA

IF9.1

1998-05-26

433

OAAI

Brenner, SE; Chothia, C; Hubbard, TJP

Design and synthesis of a minimal bacterial genome

Science

IF0

2016-03-25

OAAI

Clyde A. Hutchison; Ray-Yuan Chuang; Vladimir N. Noskov; Nacyra Assad-Garcia; Thomas J. Deerinck; Mark H. Ellisman; John Gill; Krishna Kannan; Bogumil J. Karas; Li Ma; James F. Pelletier; Zhi-Qing Qi; R. Alexander Richter; Elizabeth A. Strychalski; Lijie Sun; Yo Suzuki; Billyana Tsvetanova; Kim S. Wise; Hamilton O. Smith; John I. Glass; Chuck Merryman; Daniel G. Gibson; J. Craig Venter

Predicting With Confidence: Using Conformal Prediction in Drug Discovery 有信心地预测: 在药物发现中使用适形预测

JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES

IF3.8

2021-01-01

OAAI

Alvarsson, Jonathan; McShane, Staffan Arvidsson; Norinder, Ulf; Spjuth, Ola

Protein language models are biased by unequal sequence sampling across the tree of life

IF0

2024-03-12

OAAI

Frances Ding; Jacob Steinhardt

Using Dali for Protein Structure Comparison 使用Dali进行蛋白质结构比较