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GeneCloudOmics: A Data Analytic Cloud Platform for High-Throughput Gene Expression Analysis
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OA
AI
DOI：10.3389/fbinf.2021.693836.png)
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摘要
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基因表达谱分析技术，如DNA微阵列和RNA-Seq，对我们的生物系统理解产生了重大影响。它们几乎涵盖了生物医学研究的所有方面，包括研究发育生物学、宿主-寄生虫关系、疾病进展和药物效应。然而，高通量数据生成给许多湿实验研究者带来了分析挑战，难以充分利用这些丰富而复杂的数据。本文介绍了GeneCloudOmics，一个用于高通量基因表达分析、易于使用的Web服务器，它扩展了我们之前ABioTrans的功能，增加了蛋白质数据集分析工具和Web界面。GeneCloudOmics允许同时分析微阵列和RNA-Seq数据，集成了其他当前独立软件或基于Web的工具无法做到的全面数据分析工具包。GeneCloudOmics总共为用户提供23种不同的数据分析和生物信息学任务，包括读数归一化、散点图、线性/非线性相关性、PCA、聚类（层次聚类、k-means、t-SNE、SOM）、差异表达分析、通路富集、进化分析、病理分析和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）鉴定。此外，GeneCloudOmics允许直接从NCBI Gene Expression Omnibus数据库导入基因表达数据。用户可以通过直观的图形用户界面快速完成所有任务，避免了编码、安装工具/包/库以及处理操作系统兼容性和版本问题等繁琐工作，这些工作使得数据分析任务对生物学家来说颇具挑战。因此，GeneCloudOmics是一个用于基因表达数据分析与可视化的集成开源工具。该工具可免费获取，网址为http://combio-sifbi.org/GeneCloudOmics。
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