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GROMACS - A MESSAGE-PASSING PARALLEL MOLECULAR-DYNAMICS IMPLEMENTATION
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AI
DOI：10.1016/0010-4655(95)00042-E.png)
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摘要
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描述了分子动力学 (MD) 程序的并行消息传递实现，该程序可用于水环境中的生物 (宏) 分子。该软件是为定制设计的32处理器ring GROMACS (用于化学模拟的格罗宁根机器) 开发的，与左右邻居之间进行通信，但是可以在任何并行系统上运行，在该并行系统上可以映射处理器环，并且支持类似PVM的块发送和接收呼叫。GROMACS软件包括一个预处理器，一个并行MD和能量最小化程序，可以使用任意数量的处理器 (包括一个)，一个可选的监视器和几个分析工具。这些程序是用ANSI C编写的，可通过ftp获得 (信息: gromacs @ chem.rug.nl)。该功能基于GROMOS (格罗宁根分子模拟) 软件包 (van Gunsteren和Berendsen，1987; BIOMOS B.V.，Nijenborgh 4，9747 AG GROningen)。包括GROMOS和GROMACS格式之间的转换程序。MD程序可以处理具有温度和压力缩放比例的矩形周期性边界条件，可以在不修改的情况下处理的相互作用是具有库仑和lennard-jones或Buckingham势的可变非键合对相互作用，使用基于电荷组的双范围截止，对于键和键角，固定的键相互作用为谐波或约束类型，对于二面角，可以将特殊的力添加到粒子组 (用于非平衡动力学或位置约束) 或粒子之间 (用于距离约束)。并行性基于粒子分解。处理器间通信主要限于每个时间步长一次在环上的位置和力分布。
Keyword:
MOLECULAR DYNAMICS
PARALLEL COMPUTING
AI总结
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