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HoloFoodR: a statistical programming framework for holo-omics data integration workflows

delete2025-11-01
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OA
AI
T
Tuomas Borman *
A
Artur Sannikov
R
ROBERT FINN
M
Morten T. Limborg
A
Alexander B. Rogers
V
Varsha Kale
K
Kati Hanhineva
L
Leo Lahti
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf605delete
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摘要

摘要

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Holo-omics是一个新兴的研究领域,它整合了宿主生物体及其微生物组的多种组学数据集,以研究它们的相互作用。最近,经过整理和公开可访问的Holo-omics数据库已经开发出来。例如,HoloFood数据库为在受控处理条件下的鲑鱼和鸡提供了近10 000个Holo-omics谱。然而,弥合Holo-omics数据资源与算法框架之间的差距仍然是一个挑战。将统计编程的最新进展与整理好的Holo-omics数据集相结合,可以促进在Holo-omics这一新兴领域中设计开放且可重复的研究工作流程。

期刊

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Bioinformatics
IF:
5.4
论文数:
1.3K
被引数:
17.9W

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Orchestrating Microbiome Analysis with Bioconductor
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errBorman,Tuomas; Benedetti,Giulio; Muluh,Geraldson; Raulo,Aura; Valderrama,Benjamin; Sannikov,Artur; Peschel,Stefanie; Liu,Yihan; Hindström,Rasmus; ; Pärnänen,Katariina; Müller,Christian L.; Havulinna,Aki S.; Shetty,Sudarshan; Ramos,Marcel; Braccia,Domenick J.; Bravo,Héctor Corrada; Ernst,Felix M.; Waldron,Levi; Bastiaanssen,Thomaz F. S.; Mallick,Himel; Lahti,Leo
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