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Implementing MPI-IO atomic mode and shared file pointers using MPI one-sided communication

delete2007-05-01
delete11
delete
OA
AI
R
Robert Latham *
R
Robert Ross
R
Rajeev Thakur
DOI:10.1177/1094342007077859delete
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摘要

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Mpi-io标准的ROMIO实现提供了一个可移植的基础架构,可在各种底层存储目标上使用。这些目标的功能差异很大,在某些情况下,ROMIO内部需要额外的努力来支持所有mpi-io语义。可能难以实现的接口的两个方面是mpi-io原子模式和共享文件指针访问例程。原子模式需要实施严格的一致性语义,并且共享文件指针例程需要通信和协调,以便以原子方式更新共享资源。对于某些文件系统,本机锁可用于实现这些功能,但并非所有文件系统都具有锁支持。在这项工作中,我们描述了使用MPI-1和MPI-2的单方面功能实现有效互斥锁的算法。然后,我们展示了如何使用这些算法为ROMIO实现mpi-io原子模式和共享文件指针方法,而无需底层文件系统的任何功能。我们证明了这些算法可以胜过传统的文件系统锁定方法。由于这些算法的可移植性,它们可能在MPI-2环境中需要分布式锁定或协调的各种情况下有用。
Keyword:
MPI-IO
RMA
message-passing
MPI-2
implementation
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