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MagmaFlow: A desktop platform for artificial intelligence-driven expression analysis
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OA
AI
DOI：10.1002/2211-5463.70288.png)
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摘要
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尽管简化的火山图可视化能够突出最关键的基因组、转录组或蛋白质组特征，但整合文献证据、通路关联和功能注释的综合性框架仍有限。我们介绍了MagmaFlow，这是一个跨平台应用，提供三项核心功能：基于文献的基因评分、交互式通路-火山图映射以及同步的跨视图更新。文献模块通过PubTator3从PubMed检索基因关联，提供直接PubMed标识符（PMID）链接，并根据语境相关性对基因进行排名。通路模块将富集可视化为由多层圆圈图显示的跨通路成员资格，并自动与火山图选择同步。交互功能包括智能标签定位、拖放注释、双击基因定位以及可定制的出版级图形样式。因此，MagmaFlow将火山图分析从静态展示转变为动态生物学解释。据我们所知，这是首个整合人工智能驱动的文献语境化和富集分析的工具，用于将差异表达数据转化为可操作的见解。
Keyword:
Alcohol-associated liver disease
Artificial intelligence
Computational biology
Data visualization
Volcano plots
期刊
IF:
2.3
论文数:
308
被引数:
3.9K
机构
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