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PyFasma: an open-source; modular Python package for preprocessing and multivariate analysis of Raman spectroscopy data
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AI
DOI：10.1039/D5AN00452G.png)
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摘要
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拉曼光谱是一种多功能、无标签的技术，用于探测生物样本中的分子组成。然而，在高通量光谱数据集中检测微妙的生化特征需要仔细的预处理、降维和具有统计意义的分析方法。我们介绍了PyFasma，一个用于拉曼光谱的开放源码Python软件包，它在一个模块化、适用于Jupyter Notebook的框架中集成了必要的预处理工具（如尖峰去除、平滑、基线校正、归一化）、多元技术（PCA、PLS-DA）和光谱解卷积。除了描述软件，我们还通过一个实际的生物医学案例研究来展示PyFasma的能力，该研究比较了健康和骨质疏松症皮质骨样本的拉曼光谱。结果表明，在指定的组之间，矿化基质比率和结晶度存在统计学上的显著差异；PCA和PLS-DA成功地区分了病理性和正常骨光谱。PyFasma鼓励最佳模型验证实践，包括强大但常被忽视的重复分层交叉验证，增强了多元分析的可推广性。它还提供了一个易于使用、可扩展的拉曼数据分析解决方案，使生物样本复杂光谱的可重复和稳健解释成为可能。
Keyword:
Raman spectroscopy
multivariate analysis
PyFasma
biomedical applications
spectral preprocessing
期刊
A
IF:
3.3
论文数:
1.6W
被引数:
3.3W
机构
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