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Refining Boolean models with the partial most permissive scheme
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AI
DOI：10.1093/bioinformatics/btaf123.png)
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摘要
En 中文
动机 在系统生物学中，建模策略旨在解码分子组件如何相互作用以产生动态行为。布尔建模越来越被使用，但仅使用具有两个值的离散变量描述的动态可能过于有限，无法捕捉某些动态属性。多值逻辑模型可以通过允许每个组件具有两个以上级别来克服这一限制。然而，将布尔模型多值化具有挑战性。
结果 我们提出了MRBM方法，用于高效识别布尔模型中需要多值化的组件，以捕捉异步动态中的特定不动点可达性。为此，我们定义了一种新的更新方案，将可达性属性定位在最宽松的动态中。MRBM得到了数学证明的支持，并在一个玩具模型和两个干细胞分化模型中得到说明。
可用性与实现 本文中的MRBM方法和使用的BMs可在GitHub上的https://github.com/NdnBnBn/MRBM获取，并已在Zenodo中存档（doi: 10.5281/ZENODO.14979798）。
期刊
IF:
5.4
论文数:
1.3K
被引数:
17.9W
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