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SEISMICgraph: a web-based tool for RNA structure data visualization

delete2025-08-12
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OA
AI
F
Federico Fuchs Wightman
G
Grant Yang
Y
Yves J. Martin des Taillades
C
Casper L’Esperance-Kerckhoff
S
Scott Grote
M
Matthew F. Allan
D
Daniel Herschlag
S
Silvi Rouskin *
L
Lauren D. Hagler *
DOI:10.1093/nar/gkaf701delete
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摘要

摘要

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近年来,RNA在生物学中的重要作用日益受到认可,它不仅作为遗传信息的载体,还通过与其他RNA、蛋白质及其自身的相互作用,动态调控基因表达。化学探针技术的进步显著提升了我们识别RNA二级结构并理解其调控作用的能力。这些进展与实验设计和数据处理方法的改进相结合,极大地提高了结构分析的分辨率和通量。本文介绍了SEISMICgraph,一个基于网络的工具,旨在支持RNA结构研究,通过提供多种化学探针模式的数据可视化和分析功能。SEISMICgraph允许用户通过无需编程技能的友好界面,同时比较不同序列和实验条件下的数据。我们通过研究已知的和假定的核酶开关,并探索RNA修饰如何影响其结构和结合作用,展示了该工具的实用性。SEISMICgraph能够快速可视化腺嘌呤依赖性的结构变化,并评估假尿苷化对这些转变的影响,从而提供新的见解,并为众多未来应用奠定了路线图。
Keyword:
SELECTIVE 2'-HYDROXYL ACYLATION
MESSENGER-RNA
ENHANCES TRANSLATION
PSEUDOURIDINE
EXPRESSION
RESIDUES
SHAPE
AI总结

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期刊

Nucleic Acids Research 封面图
Nucleic Acids Research
IF:
13.1
论文数:
3.6W
被引数:
29.0W

机构

H
Harvard University
学者数:
26.5W
论文数: 22.0W
被引数: 28.7W
H
Harvard Medical School
学者数:
6.5W
论文数: 4.8W
被引数: 91
引用论文

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Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA
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