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Selecting methods for draft GEM generation in multicellular eukaryotes: a comparative analysis
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OA
AI
DOI：10.1186/s12859-026-06455-7.png)
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摘要
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受基因组规模代谢模型(GEMs)在生物学发现和代谢工程中应用启发，已开发出多种自动生成草稿GEMs的方法。然而，这些方法大多未针对多细胞真核生物进行优化，其性能尚不明确。本研究对七种自动重建工具(AuReMe、CarveMe、merlin、ModelSEED、Pathway Tools、RAVEN和Reconstructor)在三种多细胞真核生物（埃及伊蚊Aedes aegypti、灰仓鼠Cricetulus griseus的CHO细胞系和褐藻Ectocarpus siliculosus）上的应用进行了比较分析。工具评估基于网络规模、功能、一致性、细胞器特异性功能表示、物种特异性代谢物表示、注释质量和执行时间等指标。我们发现方法在模型功能性与真核特征（如细胞器分隔和物种特异性代谢）表示之间存在显著权衡，无单一方法能同时在这两方面表现突出。本研究旨在为研究人员提供实用资源，以指导其根据生物体特征和研究目标选择草稿生成方法。
Keyword:
Genome-scale models
Automated reconstruction
Multicellular eukaryotes
Metabolic models
期刊
IF:
3.3
论文数:
631
被引数:
5.2W
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