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Simulating biomolecules for physiological timescales
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DOI：10.1016/j.sbi.2025.103039.png)
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摘要
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结构生物学领域的进展为模拟大规模复合体中的复杂构象运动提供了许多机会。尽管某些模型受限于计算资源，但全原子和粗粒化结构基础模型在阐明集体重排的机制、能量和动力学特性方面尤为有效。本文重点介绍了近期实例，其中结构基础模型（例如SMOG模型）为大规模过程的长时间尺度动力学提供了见解。这些模型足以预测能量景观的所有结构特征，而显式溶剂模拟的使用已允许对能量和动力学进行精确校准。综合来看，对复杂复合体（如病毒融合蛋白或核糖体）的长时间尺度模拟正在揭示能量平衡与结构无序如何驱动生物过程和疾病过程。
Keyword:
MEMBRANE-FUSION PROTEINS
ADENYLATE KINASE
REACTION COORDINATE
ENERGY LANDSCAPES
FOLDING FUNNELS
TRANSITIONS
DYNAMICS
RIBOSOME
MODEL
CATALYSIS
期刊
IF:
7
论文数:
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被引数:
1.3W
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