smallrnaseq: short non coding RNA-Seq analysis with Python

doi:10.1101/110585

smallrnaseq: short non coding RNA-Seq analysis with Python

2017-05-10

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DOI：10.1101/110585

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摘要下一代测序技术的应用已成为阐明组织和生物液体样本中存在的小非编码RNA种类（sncRNAs）的标准方法。这揭示了具有调控功能的多种RNA，其中研究最深入的是microRNAs。通过深度测序对sncRNAs进行谱分析，可以测量其绝对丰度，并发现先前方法未能检测到的新型种类。在定量和目录化sncRNAs时必须考虑特定因素，目前有多种算法可用，主要聚焦于miRNA分析。smallrnaseq是一个Python软件包，实现了sncRNAs定量和分析的一些标准方法。这包括miRNA定量和新型miRNA预测。命令行界面使该软件对普通用户易于访问。

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