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SMAnalyst: A Web Server for Spatial Metabolomic Data Analysis and Annotation
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AI
DOI：10.3390/biom15111562.png)
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摘要
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空间代谢组学是一个快速发展的领域，能够为生物组织中的代谢异质性提供强大的洞察。然而，其广泛应用受到工具碎片化以及缺乏覆盖全分析流程（质量控制和预处理、鉴定、模式分析和差异分析）的综合开源图形用户界面（GUI）软件的限制。为解决这一问题，我们开发了SMAnalyst，一个开源的集成网络平台。SMAnalyst整合了核心功能，包括多维数据质量评估（背景一致性、强度、缺失值）、全面的代谢物注释评分系统（质量精度、同位素相似性、加合物证据）以及双维度空间模式发现（代谢物共表达和像素聚类）。它还提供灵活的差异分析（聚类或用户定义区域）。凭借其直观的GUI和模块化工作流程，SMAnalyst显著降低了分析门槛，通过提供统一的解决方案来消除工具切换和高级计算技能的需求。通过小鼠脑数据集的测试，SMAnalyst能够高效处理大规模数据（例如，>14,000像素，>3000离子峰），有效填补了空间代谢组学集成分析解决方案中的关键空白。
AI总结
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