SPDEv3.0: A multidisciplinary integrated data analysis platform

doi:10.1093/plphys/kiaf537

SPDEv3.0: A multidisciplinary integrated data analysis platform

2025-11-01

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AI

DOI：10.1093/plphys/kiaf537

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植物研究在整合异构数据以及确保不同分析流程间的兼容性方面面临持续挑战。现有工具的自动化程度有限，往往导致流程碎片化，降低分析效率和可重复性。为解决这些局限性，我们开发了SPDEv3.0，这是一个具有图形用户界面的全集成生物信息学平台，整合了跨越七个逻辑关联模块的130余项功能。SPDEv3.0通过高级自动化简化了基因家族鉴定、引物设计和基因组特征提取等关键任务，使用户能够以最少的人工干预执行复杂的生物信息学流程。例如，使用仅有的基因组文件和注释文件，通过SPDEv3.0可在2分钟内自动完成拟南芥（Arabidopsis thaliana）与阿拉伯芥（A. halleri）之间的共线性分析，所有中间步骤均自动执行。此外，SPDEv3.0提供超过30项可定制的可视化功能，包括基因组特征映射、结构域结构示意图、热图、Circos图和统计图表绘制，均旨在帮助用户无需编程即可生成适合发表的图形。SPDEv3.0已实现40种经典育种方法，所有方法均支持在用户输入数据后自动计算。在多种植物基因组（包括超过14 Gb的基因组）上的基准测试证明了SPDEv3.0的稳健性能、可扩展性和实用价值。通过整合高度自动化、模块互操作性和丰富的可视化能力，SPDEv3.0为现代植物基因组学和育种研究提供了一个强大且易用的解决方案。

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ALIGNMENT

ACCURACY

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