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Stereochemistry-aware string-based molecular generation
DOI:10.1093/pnasnexus/pgaf329.png)
摘要
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本研究探讨了整合立体化学信息对分子生成建模的影响,立体化学信息是计算药物发现和材料设计的核心要素。我们详细比较了基于字符串的立体化学感知与常规非立体化学感知生成方法,并应用了遗传算法和基于强化学习的技术。为评估这些模型,我们引入了新型基准测试,专门用于评估立体化学感知生成建模的重要性。结果表明,在多种立体化学敏感任务中,立体化学感知模型通常与常规算法表现相当或更优。然而,我们也观察到,在立体化学作用不显著的场景下,立体化学感知模型可能因需处理更复杂的化学空间而面临挑战。本研究为在分子生成模型中整合立体化学信息所涉及的权衡提供了见解,并针对具体应用需求选择合适方法提供了指导。
Keyword:
molecular generation
stereochemistry
generative modeling
drug design
machine learning
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