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The ManifoldEM method for cryo-EM: a step-by-step breakdown accompanied by a modern Python implementation
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AI
DOI：10.1107/S2059798325001469.png)
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摘要
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解决单颗粒低温电子显微镜（cryo-EM）中的连续构象异质性是一个新方法不断涌现的领域。方法从传统的统计技术到最先进的神经网络方法不等。这些持续的努力不断增强了探索和理解cryo-EM数据中连续构象变化的能力。其中一种早期方法是流形嵌入方法或ManifoldEM。然而，由于软件可用性和易用性问题，将其与较新的方法进行比较一直具有挑战性。在本工作中，我们介绍了一个现代的Python实现，该实现用户友好、比其先前版本快几个数量级，并且采用面向开发者的环境设计。该实现使得能够更全面地评估针对cryo-EM中连续构象异质性的方法的优缺点，为社区驱动的进一步改进铺平了道路。
Keyword:
cryo-EM
conformational heterogeneity
Python
manifold analysis
期刊
IF:
3.8
论文数:
10
被引数:
2.0W
机构
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