TMA-Grid: an open-source, zero-footprint web application for FAIR tissue microarray de-arraying

Aaron Ge

doi:10.1186/s12859-026-06638-2

TMA-Grid: an open-source, zero-footprint web application for FAIR tissue microarray de-arraying

2026-09-09

0

OA

AI

Montserrat García‐Closas

J

Jeya Balaji Balasubramanian

DOI：10.1186/s12859-026-06638-2

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摘要

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组织微阵列（TMAs）通过允许在单个载玻片上扫描多个组织核心，显著提高了组织病理学和大范围流行病学研究中的分析效率。单个核心可以数字化提取，然后与元数据关联进行分析，这一过程称为去阵列化。然而，TMAs常包含来自组装、切片和扫描过程中的核心错位和伪影，这可能影响提取核心的可靠性。传统的去阵列化工具基于桌面，在纠正这些错误方面互动性有限，因此需要一种灵活的基于网络的方法，在单一平台上结合自动检测与用户驱动修正。我们开发了TMA-Grid，一个在浏览器中运行、无安装依赖的交互式网络应用程序，用于TMAs去阵列化。该应用整合了用于组织分割的卷积神经网络，以及一个交互式网格估计工作流程，帮助将检测到的核心分配到预期的行列位置，同时允许用户审查和修正。用户可在每一步调整分割和网格化结果。TMA-Grid完全在浏览器中运行，无需下载或安装，可直接处理本地、远程或云存储的源图像。该应用及其组件遵循FAIR原则（可发现、可访问、可互操作和可重用），以便集成到TMAs研究工作流中。TMA-Grid提供了一个交互式、基于浏览器的TMAs去阵列化平台，无需安装即可直接操作数据。该应用免费且开源，其组件可在其他基于网络的数字病理学工作流中重用。

Keyword:

Tissue microarray

De-arraying

Digital pathology

Whole slide imaging

Web application

FAIR software

TensorFlow.js

OpenSeadragon

TMA-Grid: an open-source, zero-footprint web application for FAIR tissue microarray de-arraying

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