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Weighted Ensemble Simulation: Advances in Methods, Software, and Applications
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AI
DOI：10.1002/wcms.70055.png)
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摘要
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二十多年来，加权群组（WE）路径采样策略能够以远低于传统模拟的计算机成本，模拟稀有事件或势垒跨越过程，同时保持严格的动力学特性。本文综述了WE方法和软件的最新进展，包括用于路径群组机理分析的工具新进展以及高效速率估计。我们展示了WE在广泛凝聚相过程中的成功应用，例如微秒时间尺度的化学反应的混合量子力学/分子力学（QM/MM）模拟，以及毫秒至秒时间尺度的较慢过程的原子级模拟。这些应用涉及药物膜渗透、配体解离以及SARS-CoV-2刺突蛋白的大规模开放。我们同时讨论了WE策略当前存在的局限性及其面临的重大挑战，该策略尚未发挥其全部潜力。
Keyword:
kinetics
molecular dynamics
path sampling
rare events
期刊
W
IF:
0
论文数:
42
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1
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