Zero-Knowledge Proof for Multiple Sequence Alignment

Worasait Suwannik

doi:10.1007/978-981-96-6291-3_22

2026-01-01

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Worasait Suwannik *

DOI：10.1007/978-981-96-6291-3_22

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多序列比对（MSA）是生物信息学中的一个基础算法，常用于识别序列间的结构或功能关系。在需要保持比对结果机密的同时，仍需验证其他方面（如输入序列和比对得分）的情况下，可使用零知识证明（ZKP）。在此设置中，证明者生成满足特定条件的密码学证明，而验证者（或验证器）在不获取敏感比对数据的情况下检查此证明。本文中，验证者检查输入序列与比对结果之间、比对结果与比对得分之间的一致性。验证者使用Circom语言编写，该语言可编译为电路。利用名为zkSNARK的零知识证明系统，为电路及其输入生成密码学证明，证明所有MSA的输入和输出均一致，而无需泄露实际的比对结果。

Keyword:

cryptography

bioinformatics

zero-knowledge proof