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Analyzing Codon Usage Patterns in Human Papillomavirus Type 18
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AI
DOI：10.1590/0001-3765202620250196.png)
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摘要
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人乳头瘤病毒18型，一种高危致癌株，对宫颈癌和外阴/肛门/口咽癌有显著贡献。本研究考察了人乳头瘤病毒18型的密码子使用模式，以理解其进化适应和治疗意义。对178个病毒基因组进行分析，评估了核苷酸组成、同义密码子相对使用频率、二核苷酸分布和密码子适应指数。结果表明，密码子终止于腺嘌呤/尿嘧啶（A/U）存在强烈偏好，第三位点的鸟嘌呤-胞嘧啶含量低于34%，且密码子偏好有限（有效密码子数量=49.34）。二核苷酸分析显示ApA、CpG和UpC频率受抑制，而CpA和UpG水平升高，可能反映了为免疫逃避而避免CpG基序。中性分析、第二配对规则图和有效密码子数量图显示，自然选择（影响占比86.61%）在塑造密码子使用方面占主导地位，超过突变压力。相对密码子去优化指数（约为2）表明病毒对人类翻译系统的适应性平衡，既实现高效复制，又竞争宿主资源。对人乳头瘤病毒18型密码子使用模式的系统表征，阐明了宿主-病原体协同进化机制，这对优化针对该致癌病原体的疫苗设计和靶向抗病毒干预措施至关重要。
Keyword:
HPV-18
codon usage bias
natural selection
host adaptation
Relative Syn-onymous Codon Usage
期刊
A
IF:
1.1
论文数:
53
被引数:
5.8K
机构
引用论文
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