ASOG: AntiSense Oligonucleotide Generator

Jonah Kimi

doi:10.1016/j.csbj.2025.09.022

2025-09-16

Philippe Barthélémy *

Sébastien Campagne *

Florian Malard *

DOI：10.1016/j.csbj.2025.09.022

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摘要

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反义寡核苷酸（ASOs）在基础研究和临床应用中均被用于通过靶向特定基因的RNA转录本来调控基因表达。历史上，ASOs是手动设计的，这一耗时过程限制了在ASO空间中进行彻底搜索。近年来，已开发出基于传统或深度学习方法的资源以促进ASO设计，每种方法各有其特定用途和局限性。在此背景下，我们提出了一种基于明确标准、原创算法和第三方软件的原创且通用的ASO设计流程，并将其封装在一个名为AntiSense Oligonucleotide Generator（ASOG）的Web应用程序中。ASOG流程仅需输入目标基因序列，即可进行ASO生成、预测目标亚序列的结构特性、预测剪接位点掩蔽、检测脱靶效应，并计算热力学杂交参数，同时考虑一些最常见的RNA修饰。ASOG旨在帮助用户快速探索ASO空间，协助他们做出明智决策。ASOG网络服务器可通过asog.iecb.u-bordeaux.fr访问。

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Antisense oligonucleotide

Melting temperature calculation

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Computational and Structural Biotechnology Journal

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Hybridization of synthetic oligodeoxyribonucleotides to Φ_X174 DNA: the effect of single base pair mismatch

Nucleic Acids Research

IF0

1979-01-01

OAAI

R. Bruce Wallace; J. Shaffer; R.F. Murphy; J. Bonner; T. Hirose; K. Itakura

Molecular Mechanisms of Antisense Oligonucleotides 反义寡核苷酸的分子机制

NUCLEIC ACID THERAPEUTICS

IF4.7

2017-04-01

302

OAAI

Crooke, Stanley T.

Spinraza—a rare disease success story

Gene Therapy

IF0

2017-09-28

OAAI

V Prakash

Splice-switching antisense oligonucleotides as therapeutic drugs

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

IF13.1

2016-06-10

372

OAAI

Havens, Mallory A.; Hastings, Michelle L.

beta-Thalassemia in Chinese: use of in vivo RNA analysis and oligonucleotide hybridization in systematic characterization of molecular defects.

Proceedings of the National Academy of Sciences

IF0

1984-05-01

OAAI

T C Cheng; S H Orkin; S E Antonarakis; M J Potter; J P Sexton; A F Markham; P J Giardina; A Li; H H Kazazian

PFRED: A computational platform for siRNA and antisense oligonucleotides design

PLOS ONE

IF0

2021-01-22

OAAI

Simone Sciabola; Hualin Xi; Dario Cruz; Qing Cao; Christine Lawrence; Tianhong Zhang; Sergio Rotstein; Jason D. Hughes; Daniel R. Caffrey; Robert V. Stanton

Eteplirsen: First Global Approval

DRUGS

IF14.4

2016-11-02

170

PREAI

Syed, Yahiya Y.

Developing predictive hybridization models for phosphorothioate oligonucleotides using high-resolution melting

PLOS ONE

IF0

2022-05-18

OAAI