.png){kind=icon}
返回
Benchmarking alignment methods for spatial transcriptomics data
.png){kind=icon}
PRE
AI
DOI：10.1038/s43588-026-00977-z.png)
.png){kind=icon}
原文求助.png){kind=icon}
分享.png){kind=icon}
收藏
摘要
En 中文
从二维空间转录组学切片重建组织的三维分子架构是空间生物学中的一个核心目标。空间配准，即利用组织的空间坐标和基因表达谱对多个组织切片进行计算配准，为此整合性视角提供了基础框架。尽管已涌现出众多配准方法，但能够指导其应用的综合性基准评估却显著缺失。在此，我们通过系统评估一系列多样化的领先方法来应对这一问题。在跨不同数据集和技术执行295项独立配准任务的过程中，我们的框架量化了方法的准确性、效率、易用性和鲁棒性，同时也评估了配准质量对下游分析的影响。尤为关键的是，本研究系统地考察了这些方法在具有挑战性的真实场景中的表现，揭示了当前工具存在的显著局限性。为解决这些瓶颈，我们提出了并验证了有效的缓解策略。最后，我们提供了实用指南，以协助研究人员选择最佳配准方法并优化其分析流程。该用于评估空间转录组学中空间配准方法的基准研究显示，最优方法取决于具体数据集，并可为未来方法的发展提供可操作的指导。
Keyword:
Computational models
Data acquisition
Transcriptomics
Computer Science
general
期刊
IF:
18.3
论文数:
3.1K
被引数:
4.0K
机构
引用论文
Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex人背外侧前额叶皮层中转录组尺度的空间基因表达
OAAI
OAAI分享收藏SANTO: a coarse-to-fine alignment and stitching method for spatial omicsSANTO: 一种用于空间组学的从粗到细的对齐和拼接方法.png)
NATURE COMMUNICATIONSOAAI
NATURE COMMUNICATIONSIF15.7
OAAI分享收藏Spatially resolved cell atlas of the mouse primary motor cortex by MERFISHMERFISH对小鼠初级运动皮层的空间分辨细胞图谱NatureOAAI
NatureIF0
OAAI分享收藏A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain整个小鼠大脑中细胞类型的高分辨率转录组和空间图谱NatureOAAI
NatureIF0
OAAI分享收藏分享收藏
分享收藏Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolutionSlide-seq: 一种用于以高空间分辨率测量全基因组表达的可扩展技术ScienceOAAI
ScienceIF0
OAAI分享收藏Single-cell systems biology by super-resolution imaging and combinatorial labelingNATURE METHODSOAAI
NATURE METHODSIF32.1
OAAI分享收藏
查看更多内容