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Constructing a draft Indian cattle pangenome using short-read sequencing
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AI
DOI：10.1038/s42003-025-07978-0.png)
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摘要
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印度本地牛（desi cattle），以其适应性和表型多样性而闻名，代表了宝贵的遗传资源。然而，单一参考基因组往往无法全面捕捉其遗传变异。为解决这一问题，我们通过鉴定和表征非参考新序列（NRNS）构建了本地牛泛基因组。我们测序了来自7个品种的68个基因组，生成了483.5亿条短读序列。利用泛基因组分析（PanGA）流程，我们鉴定出13,065个NRNS（约4100万个碱基对），并在群体中观察到显著变异。大多数NRNS为本地牛特有，与中国瘤牛泛基因组的重叠极少（4.1%）。约40%的NRNS在牛属（Bos）中具有祖先起源，且富集于基因区域，提示其具有功能作用。这些序列与影响产奶量等性状的数量性状位点相关。泛基因组方法提高了读序列比对精度，减少了假阳性单核苷酸多态性（SNP）的检出，并发现了新的遗传变异，从而加深了对本地牛基因组学的理解。
期刊
IF:
5.1
论文数:
1.1W
被引数:
3.2W
机构
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