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cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination
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AI
DOI：10.1038/NMETH.4169.png)
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摘要
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单颗粒电子冷冻显微镜 (cryo-em) 是确定生物大分子结构的有力方法。使用自动显微镜，通常可以在几天内获得cryo-em数据。然而，处理cryo-em图像数据以揭示蛋白质结构中的异质性并将3D图细化到高分辨率经常成为严重的瓶颈，需要专家干预，先验结构知识以及在昂贵的计算机集群上进行数周的计算。在这里，我们证明了随机梯度下降 (SGD) 和分支定界最大似然优化算法允许在廉价的台式计算机上在数小时或数分钟内执行cryo-em结构确定的主要步骤。此外，具有贝叶斯边缘化的SGD允许从头开始3D分类，从而能够自动分析和发现意外结构，而不会偏离参考图。这些算法被组合在名为cryoSPARC (http://www.cryosparc.com) 的用户友好的计算机程序中。
Keyword:
AB-INITIO RECONSTRUCTION
SINGLE-PARTICLE ANALYSIS
MICROSCOPY
RESOLUTION
VALIDATION
AI总结
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期刊
IF:
32.1
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引用论文
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