arrow
返回

Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data

delete2025-10-08
delete0
delete
OA
AI
J
Jeroen Gilis
L
Laura Perin
M
Milan Malfait
H
Helena L. Crowell
K
Koen Van Den Berge
A
Alemu Takele Assefa
B
Bie Verbist
D
Davide Risso
L
Lieven Clement *
DOI:10.1186/s12864-025-12102-xdelete
delete原文链接
delete分享
delete收藏
查看原文
摘要

摘要

En 中文
在单细胞转录组学中,差异表达(DE)工具比较不同细胞类型或条件下的平均表达量。然而,scRNA-seq技术有望推断表达分布其他方面的差异。因此,我们开发了差异检测(DD)工作流程,用于推断表达被检测到的细胞平均比例的差异。在评估了八种DD策略后,我们提出了一种统一的工作流程,用于联合评估DE和DD。通过模拟和两个案例研究,我们证明我们的联合分析在报告的个体基因及其功能解释方面均能提供互补信息。
AI总结

AI总结

对已上传原文的论文进行重点信息的提取,主要内容包括:简要概述、研究摘要、背景介绍、关键亮点、图文解析、展望与总结。

期刊

BMC Genomics 封面图
BMC Genomics
IF:
3.7
论文数:
1.9W
被引数:
5.2W

机构

G
Ghent University
学者数:
5.2W
论文数: 4.5W
被引数: 5.5W
J
johnson and johnson innovative medicine
学者数:
17
论文数: 5
被引数: 0
U
university of padova
学者数:
3.1K
论文数: 1.4K
被引数: 1
C
Centro Nacional de Análisis Genómico
学者数:
27
论文数: 10
被引数: 434
学者 查看更多机构
引用论文

引用论文

A statistical approach for identifying differential distributions in single-cell RNA-seq experiments
err2016-10-25
err186
errOAAI
errKorthauer, Keegan D.; Chu, Li-Fang; Newton, Michael A.; Li, Yuan; Thomson, James; Stewart, Ron; Kendziorski, Christina
err分享
err收藏
MAST: a flexible statistical framework for assessing transcriptional changes and characterizing heterogeneity in single-cell RNA sequencing dataMAST: 用于评估单细胞RNA测序数据中转录变化和表征异质性的灵活统计框架
err2015-12-10
err1.9K
errOAAI
errFinak, Greg; McDavid, Andrew; Yajima, Masanao; Deng, Jingyuan; Gersuk, Vivian; Shalek, Alex K.; Slichter, Chloe K.; Miller, Hannah W.; McElrath, M. Juliana; Prlic, Martin; Linsley, Peter S.; Gottardo, Raphael
err分享
err收藏
muscat detects subpopulation-specific state transitions from multi-sample multi-condition single-cell transcriptomics data
err2020-11-30
err193
errOAAI
errCrowell, Helena L.; Soneson, Charlotte; Germain, Pierre-Luc; Calini, Daniela; Collin, Ludovic; Raposo, Catarina; Malhotra, Dheeraj; Robinson, Mark D.
err分享
err收藏
Pulmonary Mesenchymal Stem Cells in Mild Cases of COVID-19 Are Dedicated to Proliferation; In Severe Cases, They Control Inflammation, Make Cell Dispersion, and Tissue Regeneration
err2022-01-13
err12
errOAAI
errHenriques-Pons, Andrea; Beghini, Daniela Gois; Silva, Vanessa dos Santos; Iwao Horita, Samuel; Silva, Fabricio Alves Barbosa da
err分享
err收藏
err分享
err收藏
学者 查看更多内容