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GRiNS: a python library for simulating gene regulatory network dynamics
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AI
DOI：10.1186/s12859-025-06268-0.png)
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摘要
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复杂基因调控网络的涌现动力学调控着各种细胞过程。然而，理解这些动力学具有挑战性，因为对这些网络进行参数化的计算模型存在困难，尤其是在网络规模增大的情况下。在此，我们介绍一个模拟库——基因调控相互作用网络模拟器（GRiNS），以应对这些挑战。GRiNS将流行的参数无关模拟框架RACIPE和布尔伊辛形式整合到一个能够利用GPU加速进行高效且可扩展模拟的单一Python库中。GRiNS通过更模块化的设计扩展了基于常微分方程（ODE）的RACIPE框架，允许用户选择参数、初始条件和时序输出，以在模拟中获得更大的定制化和准确性。对于规模较大的网络，由于基于ODE的模拟形式扩展性不佳，GRiNS实现了布尔伊辛形式，提供了一种简化的、粗粒度的替代方案，在显著降低计算成本的同时捕获大型调控网络的关键动态行为。GRiNS使基因调控网络的参数无关建模成为可能，以可扩展且高效的方式研究其动态和稳态行为。GRiNS的文档和安装说明可在
https://moltenecdysone09.github.io/GRiNS/
中找到。
AI总结
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引用论文
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