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Isolating selective from non-selective forces using site frequency ratios
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DOI：10.1371/journal.pgen.1011427.png)
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摘要
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介绍了一种利用位点频率谱估计突变适应度效应分布的新方法。与以往方法不同，该方法通过处理选择位点与中性位点的计数比率，主要避免了关于非选择因素的假设，或试图将此类因素纳入基础模型。通过将两个泊松随机变量的比率视为两个高斯随机变量的比率，得到了一组选择/中性比率的似然表达式。该方法还避免了估计选择位点与中性位点相对突变率的需求。在包含连锁选择效应的广泛种群遗传模型模拟中表明，新的SFRatios方法在选择性统计检验和选择效应分布估计方面表现良好。其性能在弱选择模型以及扩张和结构化种群遗传模型中优于瓶颈模型。对两个果蝇黑腹种群的应用揭示了同义位点上的清晰但非常微弱的的选择。对于非同义位点，发现的选择效应与先前估计一致，且在非洲种群中比在北卡罗来纳种群中更强。
Keyword:
MOLECULAR EVOLUTION
NUCLEOTIDE POLYMORPHISM
DELETERIOUS MUTATIONS
POPULATION
GENOME
INFERENCE
DIVERGENCE
SUBSTITUTIONS
PATTERNS
RATES
期刊
IF:
3.7
论文数:
9.8K
被引数:
4.6W
机构
暂无机构信息
引用论文
Adaptive Protein Evolution in Animals and the Effective Population Size Hypothesis.png)
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