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Multisite λ-Dynamics for Protein-DNA Binding Affinity Prediction
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DOI：10.1021/acs.jctc.4c01408.png)
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摘要
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转录因子（TFs）通过结合到特定的DNA序列来调控基因表达，在细胞过程和疾病通路中发挥关键作用。计算方法，特别是lambda-Dynamics，为预测转录因子相对结合亲和力提供了一种有前景的途径。本研究评估了不同lambda-Dynamics扰动方案在确定WRKY转录因子在其W-box结合位点（GGTCAA）突变至非特异性序列（GATAAA）时的结合自由能变化（Delta Delta G b）方面的有效性。在测试的方案中，每个碱基对一个lambda的协议显示出最快的收敛速度和最高的精度。将该协议扩展到额外的突变体（GGTCC G和GGACAA）后，得到的Delta Delta G b值成功对结合亲和力进行了排序，展示了其用于高通量筛选DNA结合位点的巨大潜力。
Keyword:
SIMULATION-BASED PREDICTION
FREE-ENERGY CALCULATIONS
MOLECULAR-DYNAMICS
TRANSCRIPTION FACTORS
SPECIFICITIES
MUTATIONS
PROMOTER
DEFICIENCIES
INTEGRATION
EFFICIENT
期刊
IF:
5.5
论文数:
1.1W
被引数:
5.4W
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