OmNI: a modular open-source framework for interactive multi-omics data integration and visualization

Grace Potter

doi:10.1093/nargab/lqaf206

OmNI: a modular open-source framework for interactive multi-omics data integration and visualization

2026-03-01

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AI

DOI：10.1093/nargab/lqaf206

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Omics Notebook Interactive (OmNI) 是一个基于R语言、开源且模块化的框架，专为多样化数据类型的组学数据整合与分析而设计，并在每个处理步骤中融入交互式可视化。OmNI采用可定制的线性模型进行差异表达分析，可容纳各种协变量和复杂的实验设计。对于跨组学层级的整合，OmNI采用改良的S-score统计量，确保差异特征的敏感检测。该框架还整合了网络和代谢组学数据，通过使用多个通路数据库的综合富集分析，为调控机制提供详细见解。输出包括交互式HTML报告、CSV/TSV文件以及兼容Cytoscape的对象。OmNI可在本地和高性能计算环境中轻松部署，支持可扩展的数据处理。鉴于阿片类药物的公共卫生问题，我们进行了基于TMT18的深度蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析，研究对象为暴露于芬太尼的具有遗传多样性的协作交叉多样性外系(CC/DO)创始小鼠品系，以展示OmNI的能力。整合的S-score独特地识别了所有品系共有的差异信号和相互作用枢纽，并揭示了品系特异性的分子神经应答。OmNI可免费下载自https://github.com/gracerhpotter/OmNI，也可通过网页界面https://emili-laboratory.shinyapps.io/omni/访问。

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OmNI: a modular open-source framework for interactive multi-omics data integration and visualization

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