Profiler: an open web platform for multi-omics analysis

Yanis Zirem

doi:10.1093/bioinformatics/btaf644

2026-01-01

DOI：10.1093/bioinformatics/btaf644

原文链接

原文求助

摘要

En 中文

研究动机高通量多组学技术产生日益庞大且异构的数据集，若无先进的计算专业知识难以分析。现有生物信息学工具常呈碎片化或仅限于特定组学类型，阻碍了可重复性和易用性。亟需一个集成、用户友好且可扩展的平台，以支持不同数据模态的多组学分析。结果我们提出Profiler，一个开源、模块化平台，在单一可重复环境中统一了数据导入、质量控制、预处理、统计检验、机器与深度学习、生物标志物发现、通路与药物靶点富集以及生存建模等功能。基于Python与Streamlit构建，Profiler可作为部署于高性能计算环境下的网络平台，也可作为桌面版本供本地执行，实现跨计算基础设施的灵活使用。Profiler支持多种组学模态，包括蛋白质组学、转录组学、脂质组学及脑电图数据。通过胶质母细胞瘤蛋白质组学、泛癌症及多组学数据集的应用，Profiler重现了已知的分子亚型，揭示了潜在的治疗靶点，并在数分钟内生成了完全可追溯的分析报告。通过将高级分析功能集成于直观界面，Profiler实现了多组学分析的普及化，并为系统生物学和精准医学研究提供了稳健、可扩展的基础。可用性与实现 Profiler为开源且免费，可通过其网络平台（https://prism-profiler.univ-lille.fr）和GitHub（网络版：https://github.com/yanisZirem/Profiler_v1_requests_datatests，桌面版：https://github.com/yanisZirem/prism-profiler）获取，并已在Zenodo归档（DOI: https://doi.org/10.5281/zenodo.17478158）。

Keyword:

COMPUTATIONAL PLATFORM

期刊

Bioinformatics

IF:

5.4

论文数:

1.3K

被引数:

17.9W

机构

institut national de la sante et de la recherche medicale (inserm)

学者数:

11.5W

论文数: 7.5W

被引数: 117

引用论文

IF0

OAAI

DIA-NN: neural networks and interference correction enable deep proteome coverage in high throughput Dia-nn: 神经网络和干扰校正可实现高通量的深度蛋白质组覆盖

NATURE METHODS

IF32.1

2019-11-25

983

OAAI

Demichev, Vadim; Messner, Christoph B.; Vernardis, Spyros I.; Lilley, Kathryn S.; Ralser, Markus

Making proteomics data accessible and reusable: Current state of proteomics databases and repositories 使蛋白质组学数据可访问和可重复使用: 蛋白质组学数据库和存储库的当前状态

PROTEOMICS

IF3.9

2015-03-12

148

OAAI

Perez-Riverol, Yasset; Alpi, Emanuele; Wang, Rui; Hermjakob, Henning; Vizcaino, Juan Antonio

Protocol to analyze 1D and 2D mass spectrometry data from glioblastoma tissues for cancer diagnosis and immune cell identification 胶质瘤组织1D和2D质谱数据分析协议：用于癌症诊断和免疫细胞识别

IF0

PREAI

IF0

PREAI

pyComBat, a Python tool for batch effects correction in high-throughput molecular data using empirical Bayes methods pyComBat，一种使用经验贝叶斯方法在高通量分子数据中进行批量效应校正的Python工具

BMC Bioinformatics

IF0

2023-12-07

OAAI

Abdelkader Behdenna; Maximilien Colange; Julien Haziza; Aryo Gema; Guillaume Appé; Chloé-Agathe Azencott; Akpéli Nordor

Molecular signatures database (MSigDB) 3.0 分子特征数据库 (MSigDB) 3.0

Bioinformatics

IF0

2011-05-05

OAAI

Arthur Liberzon; Aravind Subramanian; Reid Pinchback; Helga Thorvaldsdóttir; Pablo Tamayo; Jill P. Mesirov

The big challenges of big data 大数据的巨大挑战

Nature

IF0

2013-06-12

OAAI

Vivien Marx

Gene Ontology Consortium: going forward 基因本体论联盟: 前进

NUCLEIC ACIDS RESEARCH

IF13.1

2014-11-26

1.2K

OAAI

Blake, J. A.; Christie, K. R.; Dolan, M. E.; Drabkin, H. J.; Hill, D. P.; Ni, L.; Sitnikov, D.; Burgess, S.; Buza, T.; Gresham, C.; McCarthy, F.; Pillai, L.; Wang, H.; Carbon, S.; Dietze, H.; Lewis, S. E.; Mungall, C. J.; Munoz-Torres, M. C.; Feuermann, M.; Gaudet, P.; Basu, S.; Chisholm, R. L.; Dodson, R. J.; Fey, P.; Mi, H.; Thomas, P. D.; Muruganujan, A.; Poudel, S.; Hu, J. C.; Aleksander, S. A.; McIntosh, B. K.; Renfro, D. P.; Siegele, D. A.; Attrill, H.; Brown, N. H.; Tweedie, S.; Lomax, J.; Osumi-Sutherland, D.; Parkinson, H.; Roncaglia, P.; Lovering, R. C.; Talmud, P. J.; Humphries, S. E.; Denny, P.; Campbell, N. H.; Foulger, R. E.; Chibucos, M. C.; Giglio, M. Gwinn; Chang, H. Y.; Finn, R.; Fraser, M.; Mitchell, A.; Nuka, G.; Pesseat, S.; Sangrador, A.; Scheremetjew, M.; Young, S. Y.; Stephan, R.; Harris, M. A.; Oliver, S. G.; Rutherford, K.; Wood, V.; Bahler, J.; Lock, A.; Kersey, P. J.; McDowall, M. D.; Staines, D. M.; Dwinell, M.; Shimoyama, M.; Laulederkind, S.; Hayman, G. T.; Wang, S. J.; Petri, V.; D'Eustachio, P.; Matthews, L.; Balakrishnan, R.; Binkley, G.; Cherry, J. M.; Costanzo, M. C.; Demeter, J.; Dwight, S. S.; Engel, S. R.; Hitz, B. C.; Inglis, D. O.; Lloyd, P.; Miyasato, S. R.; Paskov, K.; Roe, G.; Simison, M.; Nash, R. S.; Skrzypek, M. S.; Weng, S.; Wong, E. D.; Berardini, T. Z.; Li, D.; Huala, E.; Argasinska, J.; Arighi, C.; Auchincloss, A.; Axelsen, K.; Argoud-Puy, G.; Bateman, A.; Bely, B.; Blatter, M. C.; Bonilla, C.; Bougueleret, L.; Boutet, E.; Breuza, L.; Bridge, A.; Britto, R.; Casals, C.; Cibrian-Uhalte, E.; Coudert, E.; Cusin, I.; Duek-Roggli, P.; Estreicher, A.; Famiglietti, L.; Gane, P.; Garmiri, P.; Gos, A.; Gruaz-Gumowski, N.; Hatton-Ellis, E.; Hinz, U.; Hulo, C.; Huntley, R.; Jungo, F.; Keller, G.; Laiho, K.; Lemercier, P.; Lieberherr, D.; MacDougall, A.; Magrane, M.; Martin, M.; Masson, P.; Mutowo, P.; O'Donovan, C.; Pedruzzi, I.; Pichler, K.; Poggioli, D.; Poux, S.; Rivoire, C.; Roechert, B.; Sawford, T.; Schneider, M.; Shypitsyna, A.; Stutz, A.; Sundaram, S.; Tognolli, M.; Wu, C.; Xenarios, I.; Chan, J.; Kishore, R.; Sternberg, P. W.; Van Auken, K.; Muller, H. M.; Done, J.; Li, Y.; Howe, D.; Westerfield, M.

The MaxQuant computational platform for mass spectrometry-based shotgun proteomics 基于质谱的shot弹枪蛋白质组学的MaxQuant计算平台

NATURE PROTOCOLS

IF16

2016-10-27

3.1K

PREAI

Tyanova, Stefka; Temu, Tikira; Cox, Juergen

查看更多内容