.png){kind=icon}
返回
Protein Structural Phylogenetics
.png){kind=icon}
PRE
AI
DOI：10.1093/gbe/evaf139.png)
.png){kind=icon}
原文求助.png){kind=icon}
分享.png){kind=icon}
收藏
摘要
En 中文
蛋白质结构系统发育学是分子进化领域的一个跨学科分支，其特点是：(i) 利用三维结构数据追溯进化历史，以及(ii) 利用这些进化关系探索蛋白质结构的多样性和祖先功能。从蛋白质结构中提取系统发育信息的吸引力在于，与序列相比，蛋白质结构具有更高的保守性，反映了其抵抗突变的能力在漫长的进化时间尺度上。利用这些信息对于研究暮光区（蛋白质序列相似性较低的区域）内的关系特别有用，因为在该区域内，区分噪声与信号变得具有挑战性。历史上，该领域的发展受限于高分辨率结构数据的有限可用性。然而，近期人工智能领域的突破已使高质量的蛋白质结构数据广泛可用。尽管自20世纪70年代以来，基于蛋白质结构的系统发育树构建方法已从基于距离的方法取得了显著进展，但该研究领域仍落后于序列系统发育学中使用的先进概率模型；尤其是贝叶斯和最大似然方法。本文综述了蛋白质结构系统发育学的当前状态，概述了从结构数据中提取进化见解的方法，并强调了关键应用和未来方向。由于新结构信息的激增，预计序列和结构数据将在系统发育分析中常规整合；这将促使我们进一步探索暮光区，并形成跨学科和转化合作。
Keyword:
phylogenetics
structural phylogenetics
protein structure
evolutionary biology
molecular evolution
review
期刊
IF:
2.8
论文数:
4.0K
被引数:
9.3K
机构
引用论文
PC_ali: a tool for improved multiple alignments and evolutionary inference based on a hybrid protein sequence and structure similarity scorePC_ali：一种基于蛋白质序列和结构相似性得分的混合评分系统，用于改进多序列比对和进化推断的工具
OAAI
OAAI分享收藏分享收藏The impact of calibration and clock-model choice on molecular estimates of divergence times校准和时钟模型选择对发散时间的分子估计的影响
PREAI
分享收藏Fast and accurate protein structure search with Foldseek使用Foldseek快速准确的蛋白质结构搜索.png)
NATURE BIOTECHNOLOGY
OAAI
NATURE BIOTECHNOLOGYIF41.7
OAAI分享收藏
查看更多内容